Школа заснована 1879 року як церковно-приходська, в 1940 році стала семирічною, в 1961 – восьмирічною. Новітня історія розвитку освіти у с. Крупець розпочалась з будівництва нового приміщення школи у 1989 році. З 1992 року школа функціонує як повна середня.
У 2002 році була реорганізована в Крупецький навчально-виховний комплекс "Дошкільний навчальний заклад - середня загальноосвітня
школа І-ІІІ ступенів”
У 2005 році було відкрито нове приміщення закладу.